内蒙古自治区分子病理学重点实验室依托于自治区病理学与病理生理学重点学科，2009年被评为自治区高校和卫生领域重点实验室，2013年完成建设验收，2013年获批为自治区重点实验室，2020年通过审核评估（良好），2019年被评为自治区优秀科普示范基地，2024年通过审核评估。2024年通过自治区重点实验室优化重组，是自治区病理学领域唯一的重点实验室。

实验室以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，坚持以人民为中心的发展思想，贯彻落实创新、协调、绿色、开放、共享的新发展理念，以提高人民健康水平为核心，以自治区医药卫生发展重大需求为导向，立足于医学前沿，搭建多学科交叉融合协同创新的开放式高水平研究平台。实验室通过筛选鉴定肿瘤等重大疾病的分子标志物，探讨与重大疾病相关的基因/蛋白质的功能及其表达调控，在分子、细胞、组织水平上阐述重要生命活动的分子机制，揭示肿瘤等重大疾病的发生、发展规律与机理，为疾病的防治提供理论依据和实际指导，积极促进科研成果到临床的转化。

实验室现有各类仪器设备200多台件，总价值为1500多万元，包含分子生物学实验、蛋白实验、细胞实验、等常用设备，可开展生命科学、基础医学、药学等相关领域的研究。

优化重组后的分子病理学重点实验室的主要研究方向为：（1）乳腺癌等恶性肿瘤分子标志物的挖掘与发生发展机制研究；（2）心脑血管疾病和精神障碍等常见慢性病病理生理学和分子机制研究；（3）男性不育致病机制和精子发生相关分子机制研究。实验室在内蒙古医科大学统一管理下，实行学术委员会指导下的主任负责制。学术委员会主任为空军军医大学病理学教研室暨西京医院病理科李增山教授，实验室主任为内蒙古医科大学基础医学院肖瑞教授。实验室目前固定科研人员28人，其中25人具有高级职称，22人具有博士学位。管理人员5人，均为博士。

实验室近三年承担国家自然科学基金6项，教育部春晖计划（重点）1 项，内蒙古自治区应用计划与开发及科技创新引导项目10 项，自然科学基金22 项，其他自治区级项目5 项，共获得1276.5 万元的经费支持，发表了98篇论文（SCI 收录43 篇），出版了10 部教材、11 部专著，获得了17 项专利授权，荣获内蒙古自治区2020 年度（排名第一，第三）和2022 年度科技进步一等奖和二等奖（排名第二）各1 项，其他行业内奖励9 个。