内蒙古医科大学基础医学院前身为内蒙古医学院基础医学部，始建于1956年。当时在北京医学院、中国医科大学、哈尔滨医科大学等国内知名医学院校的支援下，组建了基础医学与公共基础课程各学科教研室。1959年5月正式建立基础医学部，承担全校基础医学和公共基础课程的教学和科研任务。2004年12月学校机构改革将公共基础课程教研室划出，更名为基础医学院。

学院拥有一支治学严谨、甘于奉献，既有优良传统，又有开拓创新精神的师资队伍。学院现有在岗教职工220人，其中专任教师204人，管理人员6人，科研人员10人；教授40人、副教授66人、讲师89人；教职工中博士74人、硕士110人；学院现有享受国务院政府特殊津贴专家2人，自治区突出贡献专家4人，自治区“新世纪321人才工程”第一、第二层次9人，自治区草原英才创新团队7个，自治区草原英才13人。

基础医学院是学校主要的教育教学基地之一，承担着教育教学、科学研究、学生管理、社会服务、文化传承的主要任务。下设28个科级机构，其中教研室13个、教学和科研实验中心（实验室）12个，另有对外检测服务机构——内蒙古医科大学司法鉴定中心。

基础医学院是学校第一批硕士研究生培养与授权单位，现有医学和理学2个学科门类、基础医学和生物学2个一级学科硕士学位授权点，10个二级学科硕士学位授权点。学院现有自治区级重点学科--病理学与病理生理学、自治区级重点培育学科--人体解剖与组织胚胎学，自治区级一流专业--法医学，国家级虚拟仿真实验教学中心1个；拥有自治区级重点实验室：科学技术厅2个、教育厅2个、卫健委3个；自治区级工程技术研究中心1个、自治区级肿瘤生物治疗协同创新培育中心1个、校级重点实验室2个。自治区实验教学示范中心3个，自治区级科普教育示范基地5个。

学院拥有国家级一流课程3门--生理学 “线下”一流课程、医学微生物学“线上线下混合式”一流课程、分子生物学“线下”一流课程；自治区级各类一流课程10门、精品在线开放课程1门、精品课程10门、优秀教学团队3个、教学名师4人、教坛新秀4人。近年来，学院主持教改项目国家级9项、自治区级26项；主编、副主编国家各级各类规划教材120部，获得自治区、学校教学成果奖 16项。

基础医学院是学校重要的科学研究基地。已经启用的“内蒙古医科大学医学实验中心”建筑面积约5000㎡，已对全校、各附属医院、临床医学院、教学基地及社会科研工作者、研究生、本科生等开放。

近三年，学院主持科研项目175项，其中国家自然科学基金9项，教育部春晖计划1项；内蒙古自然科学基金41项、科技计划3项、产业技术项目4项、成果转化1项、应用技术项目3项，科研总经费2217.4万元。近五年在国内外学术期刊发表核心论文284篇，其中SCI、EI等收录90余篇；主编学术专著116部；获国家专利36项。

学院现有法医学、基础医学专业及少数民族预科班共计306人、硕士研究生198名。

法医学专业以培养适应我国社会主义法治建设和医疗卫生事业发展需要，政治信念坚定，德智体美劳全面发展，具备良好的法医学职业道德素质，掌握医学基本理论知识和系统的法医学理论知识及基本技能，具有创新创业意识和实践能力，具备自主学习能力和终身学习观念，能够在公安、检察院、法院、社会司法鉴定机构从事法医相关工作，在高等医学院校从事法医学教学、科研工作，在医疗机构、卫生行政部门、保险公司等机构从事医事法律工作的综合性应用人才为目标。

基础医学专业以培养适应医药卫生事业发展的需要，德智体美劳全面发展，具备宽泛的人文社会、自然科学知识，扎实的生物医学、基础医学、临床医学基础理论和基本知识，具备较强的医学科研能力和实验技能、基础医学教学的基本能力，具有开阔的大健康视野，能在高等医学院校从事教学与科研，能在医药卫生领域从事基础研究与应用开发的专业卓越人才为目标。

少数民族预科以铸牢中华民族共同体意识为主线，培养适应民族地区医学教育本科学习需要，文化基础知识扎实，知识面较宽，素质较高，具有创新意识、德智体美劳全面发展的合格少数民族大学生，为医学类本科专业学习打下良好基础为培养目标。